Das BASE hatte die gesetzliche Verpflichtung, nach der Veröffentlichung des Zwischenberichts Teilgebiete unverzüglich zu der ersten Veranstaltung der Fachkonferenz Teilgebiete einzuladen. Der Zwischenbericht wurde am 28. September 2020 veröffentlicht, der Auftakt zur Fachkonferenz fand am 17. und 18. Oktober 2020 statt.

Die Arbeit der Fachkonferenz verlief eigenverantwortlich: Das Gesetz sieht das bundesweite Beteiligungsformat zur Endlagersuche als selbstorganisiertes Format vor. Zur Unterstützung der Fachkonferenz hatte das BASE eine Geschäftsstelle gemäß §9 StandAG eingerichtet. Diese unterstützte im Rahmen ihrer Aufgaben auch die Arbeitsgruppe, die auf der Auftaktveranstaltung für die Vorbereitung der Beratungstermine eingesetzt wurde. Darüber hinaus hat das BASE weitere wichtige Grundlagen zur Verfügung gestellt: Dazu gehörte insbesondere ein externes Moderationsteam über einen Dienstleister sowie eine Online-Konsultationsplattform, auf der über den gesamten Zeitraum der Fachkonferenz Hinweise, Kritiken und Fragen gesammelt wurden. Nach Abschluss der Onlinekonsultation am 20. August 2021 veröffentlicht das BASE alle Ergebnisse im Rahmen einer Dokumentation, die abschließend an die BGE mbH übergeben und bei der weiteren Arbeit berücksichtigt wird.

Der Gesetzgeber hat zudem das BASE zum Verfahrensführer und zur Aufsicht im Standortauswahlverfahren bestimmt. Es hat die Standortauswahl auf die gesetzesmäßige Durchführung zu überprüfen. Das BASE stand der Fachkonferenz in dieser Aufgabe mit juristischer Expertise als unabhängige Behörde zur Auslegung des Standortauswahlgesetzes zur Verfügung. Bei solchen Fragen konnte die Fachkonferenz oder die Moderation das sogenannte Notariat (Link zum Video) hinzuziehen.